Theo kết luận thanh tra, Trường đã ban hành hệ thống văn bản quy định nội bộ, bao quát toàn diện các hoạt động; quy định cụ thể trách nhiệm của người đứng đầu trong việc triển khai các quy định về công tác phòng, chống tham nhũng (PCTN), thực hành tiết kiệm chống lãng phí và công tác tiếp dân, giải quyết khiếu nại, tố cáo (KNTC); làm tốt công tác tuyên truyền phổ biến, giáo dục pháp luật đến đội ngũ viên chức, người lao động; nghiêm túc thực hiện công khai các hoạt động kiểm tra; chế độ báo cáo và thực hiện kiến nghị, kết luận của các đoàn kiểm tra, kiểm toán.
Tại thời điểm thanh tra chưa phát hiện dấu hiệu gây lãng phí, tham nhũng và thiếu trách nhiệm của người đứng đầu trong việc thực hiện các nội dung thanh tra. Tuy nhiên, còn một số hạn chế, thiết sót, vi phạm cần khắc phục điều chỉnh theo quy định để giúp Trường ổn định, phát triển.
Liên quan đến công tác tổ chức cán bộ, Trường chưa thực hiện tổng kết, đánh giá công tác công khai nhằm hoàn thiện và nâng cao hiệu quả công tác quản lý theo quy định. Một số bản kê khai tài sản chưa đúng mẫu theo quy định hoặc còn để trống không điền nội dung.
Về tài chính, tài sản, Quy chế Chi tiêu nội bộ ban hành tại Quyết định số 1179/QĐ-ĐHNT và được điều chỉnh bổ sung hằng năm bằng các tờ trình hoặc quyết định là chưa có căn cứ pháp lý đầy đủ. Quy chế Chi tiêu nội bộ chưa được hợp nhất thành quyết định thống nhất, dẫn đến khó theo dõi và kiểm soát chi; chưa quy định đầy đủ tỷ lệ trích khấu hao tài sản, chưa quy định nội dung chi, mức chi đối với các chi phí phát sinh tại các đơn vị trực thuộc là chưa bảo đảm tính công khai minh bạch.
Khu đất tại Khu Hòn Rớ I, xã Phước Đồng, TP Nha Trang với diện tích hơn 4,9 nghìn m2 đã được UBND tỉnh Khánh Hòa giao đến nay đã 20 năm nhưng vẫn chưa được cấp giấy chứng nhận quyền sử dụng đất.
Trường đang sử dụng vượt định mức 7 xe ô tô theo quy định của Bộ, trong đó có 4 xe ô tô hết niên hạn sử dụng và bị hỏng, nhưng chưa đề xuất thanh lý. Có 3 hạng mục tài sản đã cho thuê (gồm Trạm Phát sóng BTS 17, nhà B3 của Công ty TNHH Marconi; Công ty Cổ phần Viễn thông di động Vietnamobile lắp đặt trước năm 2020; Trung tâm Viễn thông Nha Trang - Viễn thông KH lắp đặt trước năm 2020), trước khi có đề án được Bộ GDĐT phê duyệt, nhưng vẫn duy trì hợp đồng cho thuê do chưa hết hợp đồng.
Có 5 đơn vị hạch toán độc lập, nhưng chưa được phân loại và đánh giá mức độ tự chủ của các đơn vị trực thuộc theo quy định tại Điều 35 Nghị định số 60/2021/NĐ-CP của Chính phủ.
Trong công tác tiếp dân, giải quyết KNTC, kiến nghị, phản ánh, năm 2022, quá trình giải quyết đơn TC của Trường chưa theo đúng trình tự quy định tại Luật Tố cáo, Nghị định số 31/2019/NĐ-CP, Thông tư số 05/2021/TT-TTCP.
Thanh tra Bộ GDĐT cũng chỉ ra một số vi phạm như: Trường chưa xây dựng và ban hành định mức kinh tế kỹ thuật làm cơ sở xác định mức thu học phí và các khoản thu dịch vụ khác theo quy định tại Thông tư số 14.
Trường đã chi trả số giờ vượt định mức trong năm 2022 cho 63 giảng viên có số giờ giảng vượt định mức với tổng số tiền trên 1 tỷ đồng chưa phù hợp với quy định, trong khi có 11 giảng viên chưa đủ giờ định mức.
Từ những hạn chế, thiếu sót, vi phạm được chỉ ra, Thanh tra Bộ GDĐT đã kiến nghị Trường Đại học Nha Trang thực hiện tổng kết, đánh giá công tác công khai nhằm hoàn thiện và nâng cao hiệu quả công tác quản lý theo quy định tại khoản 1 Điều 9 Thông tư số 36; tổ chức rà soát, yêu cầu những trường hợp kê khai không đúng mẫu hoặc không đầy đủ về nội dung thực hiện kê khai bổ sung hoặc kê khai lại theo quy định.
Về công tác quản lý tài chính, tài sản, mua sắm trang thiết bị và đầu tư xây dựng cơ bản, xây dựng và ban hành định mức kinh tế kỹ thuật theo quy định tại Thông tư số 14 làm cơ sở xác định mức thu học phí và các khoản thu dịch vụ khác; chấm dứt việc thanh toán thừa giờ không đúng quy định; tuân thủ các quy định về giờ lao động, rà soát vị trí việc làm, sắp xếp và bố trí công việc phù hợp, đúng quy định chế độ làm việc của giảng viên…
Quy chế Chi tiêu nội bộ cần quy định đầy đủ tỷ lệ trích khấu hao tài sản, quy định nội dung chi, mức chi đối với các chi phí phát sinh tại các đơn vị trực thuộc để bảo đảm tính công khai minh bạch...
Tăng cường bồi dưỡng, tổ chức tập huấn chuyên môn, nghiệp vụ về công tác tiếp công dân, giải quyết KNTC, kiến nghị, phản ánh cho các đơn vị thuộc, trực thuộc Trường.
Thanh tra Bộ GDĐT kiến nghị Vụ Tổ chức Cán bộ tham mưu lãnh đạo Bộ kiểm điểm trách nhiệm, xem xét xử lý kỷ luật (nếu có) đối với các cá nhân để xảy ra những hạn chế, thiếu sót, vi phạm nêu trong kết luận này thuộc thẩm quyền của Bộ; hướng dẫn, đôn đốc Trường Đại học Nha Trang thực hiện kiểm điểm trách nhiệm, xem xét xử lý kỷ luật (nếu có) theo thẩm quyền đối với các cá nhân để xảy ra hạn chế, thiếu sót, vi phạm nêu trong kết luận theo quy định pháp luật.
Theo dõi, kiểm tra việc khắc phục những hạn chế, thiếu sót liên quan đến việc thực hiện công tác PCTN và thực hành tiết kiệm chống lãng phí trong lĩnh vực tổ chức, cán bộ tại Trường. Tổng hợp, báo cáo lãnh đạo Bộ kết quả thực hiện của Trường theo quy định, gửi kết quả về Thanh tra Bộ để tổng hợp theo quy định.
Vụ Kế hoạch - Tài chính và Vụ Cơ sở vật chất theo chức năng, nhiệm vụ của từng đơn vị, hướng dẫn, chỉ đạo Trường khắc phục hạn chế, thiếu sót, vi phạm các nội dung kiến nghị nêu trên; chủ động rà soát văn bản pháp luật hiện hành, tham mưu sửa đổi, bổ sung và ban hành mới cho phù hợp với tình hình thực tế và quy định pháp luật (nếu cần thiết)...