Phát triển còn mang tính tự phát, không có quy hoạch bài bản
Chỉ ra những tồn tại, hạn chế của kinh tế trang trại, Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn cho biết, những tồn tại, hạn chế liên quan đến nội tại trang trại là phần lớn các trang trại hiện nay phát triển còn mang tính tự phát, không có quy hoạch bài bản, quy mô sản xuất (đất đai, lao động, vốn) của trang trại nhìn chung còn nhỏ, sản phẩm chưa đa dạng, hiệu quả kinh tế chưa cao so với các hình thức tổ chức sản xuất khác như: hợp tác xã, tổ hợp tác, doanh nghiệp.
Bên cạnh đó, chất lượng lao động trong các trang trại hiện nay còn thấp; năng lực quản trị, khả năng tài chính, hiểu biết về thị trường, khoa học kỹ thuật và quản lý của nhiều chủ trang trại còn hạn chế nên việc tiếp cận các nguồn vốn vay tín dụng và triển khai áp dụng khoa học kỹ thuật còn gặp khó khăn, lúng túng và chịu thua thiệt trong tiêu thụ sản phẩm khi giá nông sản xuống thấp.
Đa số các trang trại chưa xây dựng thương hiệu
Quy trình kỹ thuật sản xuất của các trang trại chưa hiện đại; chủ yếu sản xuất theo phương pháp thủ công truyền thống. Việc đẩy mạnh cơ giới hóa trong nông nghiệp chưa được chú trọng, mới dừng lại ở một số khâu, chưa đồng bộ tạo thành chuỗi xuyên suốt quá trình sản xuất. Số lượng trang trại ứng dụng công nghệ tiên tiến, công nghệ cao, đặc biệt ứng dụng tin học trong sản xuất, chế biến, bảo quản chưa nhiều, mới chỉ tập trung ở một số lĩnh vực và khu vực nhất định (chủ yếu là chăn nuôi).
Chất lượng sản phẩm của trang trại chưa cao và không ổn định, sản phẩm hàng hoá bán ra chủ yếu dưới dạng thô hoặc tươi sống, chưa qua chế biến nên giá bán thấp, sức cạnh tranh yếu, nhiều chủ trang trại chưa nắm bắt được nhu cầu thị trường nên sản xuất thụ động.
Đa số các trang trại chưa xây dựng thương hiệu, nhãn hiệu, mã số, mã vạch sản phẩm hàng hóa. Việc lựa chọn cây trồng, vật nuôi của một số trang trại thiếu hợp lý, chưa phù hợp với kinh tế thị trường, mất cân đối cung cầu, giá trị đạt thấp.
Số trang trại có hợp đồng liên doanh, liên kết chưa nhiều
Cùng với đó, số trang trại có hợp đồng liên doanh, liên kết chưa nhiều, mối liên kết chưa bền vững và chất lượng sản phẩm hàng hóa chưa cao, năng lực cạnh tranh còn thấp nên chịu thua thiệt khi giá nông sản xuống thấp.
Các trang trại nông nghiệp kết hợp du lịch hầu hết là phát triển tự phát, không có quy hoạch, chưa có giấy phép hoạt động du lịch; chưa được kết hợp với các tuyến du lịch nên lượng khách du lịch còn ít; hoạt động sản xuất nông nghiệp trong các trang trại chưa được chú trọng, lao động phục vụ du lịch làm việc trong các trang trại không được đào tạo, thiếu kiến thức và kỹ năng du 1ịch.
Còn nhiều chủ trang trại chưa thực hiện tốt nghĩa vụ nên còn để xảy ra vi phạm về đất đai, xây dựng và việc thực hiện chính sách đối với lao động làm thuê. Vẫn còn một số trang trại, nhất là trong lĩnh vực chăn nuôi chưa có ý thức trong việc xử lý chất thải bảo vệ môi trường, xả chất thải trực tiếp ra môi trường không thông qua hệ thống xử lý; các trang trại thủy sản ở một số địa phương còn dùng chung với hệ thống kênh mương sản xuất nông nghiệp.
Chính sách hỗ trợ phát triển kinh tế trang trại còn tản mạn ở nhiều văn bản
Liên quan đến các quy định về chính sách pháp luật, hệ thống cơ chế, chính sách hỗ trợ phát triển kinh tế trang trại còn tản mạn ở nhiều văn bản, chưa cụ thể cho đối tượng trang trại dẫn đến hạn chế trong việc tiếp cận chính sách hỗ trợ của các trang trại.
Một số chính sách về đất đai, xây dựng còn bất cập: Chưa có quy định cụ thể về tích tụ, tập trung đất đai; không quy định cụ thể về mật độ, kết cấu xây dựng của công trình phục vụ sản xuất kinh doanh trên đất nông nghiệp; việc quy định hạn điền dẫn đến đa số các trang trại có quy mô diện tích đất nhỏ, hoạt động sản xuất bị giới hạn, các trang trại muốn mở rộng quy mô đất phải thuê thêm đất của cá nhân hoặc đất công ích của xã nên việc đầu tư hạn chế.
Do quy định nghiêm cấm việc sử dụng đất không đúng mục đích khiến các chủ trang trại, nhất là các trang trại nông nghiệp muốn xây dựng cơ sở sơ chế, bảo quản hoặc phát triển du lịch đi kèm gặp nhiều khó khăn dẫn đến việc nhiều trang trại "lách luật" xây dựng các công trình "tạm bợ" vừa mất mỹ quan vừa hạn chế hiệu quả sử dụng.
Đa số các trang trại có chất lượng lao động thấp
Chưa có quy định cụ thể về các hoạt động sản xuất, dịch vụ phi nông nghiệp kết hợp (lắp đặt hệ thống năng lượng mặt trời, du lịch nông nghiệp, chế biến nông sản, …); nhất là việc lập, thẩm định và phê duyệt dự án kinh tế trang trại dẫn đến khó khăn trong khâu quản lý kinh tế trang trại.
Đa số các trang trại có chất lượng lao động thấp, việc tiếp cận và triển khai áp dụng khoa học kỹ thuật gặp nhiều khó khăn do chưa có chính sách hỗ trợ riêng về đào tạo lao động làm việc trong trang trại.
Chưa có chính sách hỗ trợ trang trại để xây dựng mô hình trang trại nông nghiệp chuyên ngành, ứng dụng công nghệ cao, chuyển đổi số, thích ứng thông minh với biến đổi khí hậu, nông nghiệp hữu cơ, kinh tế tuần hoàn và sản xuất, kinh doanh những cây, con đặc thù.
Một số địa phương chưa thực sự quan tâm chỉ đạo phát triển kinh tế trang trại
Liên quan đến tổ chức thực hiện chính sách pháp luật, một số địa phương chưa thực sự quan tâm chỉ đạo phát triển kinh tế trang trại, chủ yếu để trang trại phát triển tự phát; đặc biệt công tác chỉ đạo và triển khai Nghị quyết số 03/2000/NQ-CP ngày 02/02/2000 của Chính phủ về kinh tế trang trại của nhiều địa phương chưa được quan tâm đúng mức nên kết quả thực hiện chính sách hỗ trợ theo Nghị quyết còn hạn chế .
Việc đưa chính sách đất đai vào thực tế để hỗ trợ kinh tế trang trại còn hạn chế dẫn đến quá trình tích tụ và tập trung đất đai còn chậm và gặp khó khăn ở nhiều nơi; còn nhiều trang trại chưa được cấp giấy chứng nhận quyền sử dụng đất, chủ yếu do việc tổ chức thi hành pháp luật về đất đai của các địa phương còn hạn chế dẫn đến thủ tục hành chính về giao đất, cấp giấy chứng nhận quyền sử dụng đất còn rườm rà, kéo dài.
Nhiều địa phương cấp huyện, xã chưa làm tốt công tác quy hoạch phát triển sản xuất, phát triển kinh tế trang trại, cơ sở hạ tầng phục vụ sản xuất và tiêu thụ. Đặc biệt một số địa phương có trang trại phát triển ở vùng sâu, vùng xa nhưng chưa làm tốt công tác quy hoạch sản xuất, thủy lợi, giao thông, điện nước sinh hoạt, thông tin liên lạc nên chưa tạo điều kiện thuận lợi cho phát triển trang trại ở khu vực này.
Việc tiếp cận các nguồn vốn vay tín dụng của các trang trại còn gặp khó khăn
Cũng theo Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn, việc tiếp cận các nguồn vốn vay tín dụng của các trang trại theo Nghị định số 55/2015/NĐ-CP của Chính phủ về chính sách tín dụng phục vụ phát triển nông nghiệp nông thôn còn gặp khó khăn.
Việc hỗ trợ các trang trại ứng dụng công nghệ tiên tiến, công nghệ cao, ứng dụng tin học trong sản xuất, chế biến, bảo quản chưa nhiều, mới chỉ tập trung ở một số lĩnh vực và khu vực nhất định (chủ yếu là chăn nuôi).
Công tác kiểm tra chưa được coi trọng dẫn đến nhiều chủ trang trại chưa thực hiện đầy đủ kê khai, báo cáo tình hình hoạt động và còn vi phạm về đất đai, xây dựng và môi trường. Chưa có sự phối hợp đồng bộ giữa các Bộ, ngành và cơ quan chuyên ngành tại địa phương trong việc kiểm tra, hướng dẫn các trang trại nông nghiệp hoạt động kết hợp phi nông nghiệp, nhất là đối với trang trại hoạt động du lịch nông nghiệp thiếu sự kiểm soát về an toàn lao động, điều kiện lưu trú, đảm bảo vệ sinh an toàn thực phẩm, xử lý môi trường, an ninh trật tự.