Một số điểm mới của Thông tư 90/2026/TT-BTC về đăng ký thuế

Chuẩn bị đầy đủ các điều kiện để bảo đảm việc triển khai

Theo đó, Cục Thuế đề nghị Thuế các tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương, Chi cục Thuế Thương mại điện tử và Chi cục Thuế Doanh nghiệp lớn tổ chức tuyên truyền, phổ biến nội dung quy định về đăng ký thuế tại Thông tư số 90/2026/TT-BTC tới công chức thuế và người nộp thuế (NNT); đồng thời chuẩn bị đầy đủ các điều kiện để bảo đảm việc triển khai thực hiện thống nhất trên toàn ngành.

Thông tư số 90/2026/TT-BTC có hiệu lực thi hành kể từ ngày 01/7/2026, thay thế Thông tư số 86/2024/TT-BTC. Thông tư được kết cấu thành 04 chương và 38 điều, trong đó các quy định về thủ tục đăng ký thuế được kết cấu tách riêng cho NNT là tổ chức và NNT là hộ kinh doanh (HKD), hộ gia đình, cá nhân. Một số nội dung mới đáng chú ý của Thông tư như sau:

Sửa đổi, bổ sung làm rõ đối tượng đăng ký thuế là tổ chức nước ngoài và cá nhân không cư trú có hoạt động kinh doanh trên nền tảng thương mại điện tử

Về đối tượng đăng ký thuế (Điều 4), Thông tư số 90/2026/TT-BTC sửa đổi, bổ sung làm rõ đối tượng đăng ký thuế là tổ chức nước ngoài và cá nhân không cư trú có hoạt động kinh doanh trên nền tảng thương mại điện tử. 

Cụ thể, bổ sung quy định đối với tổ chức nước ngoài có phát sinh doanh thu tại Việt Nam thông qua hoạt động kinh doanh trên nền tảng thương mại điện tử theo quy định tại khoản 1 Điều 40 Nghị định số 252/2026/NĐ-CP (nhà cung cấp nước ngoài); cá nhân không cư trú có hoạt động kinh doanh trên nền tảng thương mại điện tử không có chức năng đặt hàng trực tuyến và chức năng thanh toán theo quy định tại Điều 42 Nghị định số 252/2026/NĐ-CP.

Bên cạnh đó, Thông tư sửa đổi, bổ sung làm rõ các trường hợp doanh nghiệp, tổ chức, cá nhân khấu trừ và nộp thay số thuế đã khấu trừ của NNT khác, bao gồm: doanh nghiệp, tổ chức, cá nhân khấu trừ và nộp thay thuế cho nhà thầu nước ngoài, nhà thầu phụ nước ngoài; tổ chức kinh doanh tại Việt Nam áp dụng phương pháp khấu trừ thuế thực hiện khấu trừ và nộp thay thuế cho nhà cung cấp nước ngoài; chủ quản nền tảng thương mại điện tử, nền tảng số khác ở trong nước có chức năng đặt hàng trực tuyến và chức năng thanh toán khấu trừ và nộp thay thuế cho nhà cung cấp nước ngoài, HKD, cá nhân kinh doanh; doanh nghiệp, tổ chức, cá nhân khấu trừ và nộp thay thuế cho cá nhân có hợp đồng hoặc văn bản hợp tác kinh doanh.

Đồng thời, Thông tư bổ sung quy định đối tượng đăng ký thuế là văn phòng điều hành, tổ chức được người điều hành phân công, ủy quyền điều hành dự án dầu khí theo quy định của pháp luật về dầu khí; bổ sung trường hợp NNT thuộc diện áp dụng thuế tối thiểu toàn cầu để thực hiện đăng ký thuế trực tiếp với cơ quan thuế theo quy định chống xói mòn cơ sở thuế toàn cầu.

Bổ sung hình thức nộp hồ sơ đến cơ quan thuế bằng phương thức điện tử

Về tiếp nhận hồ sơ đăng ký thuế (Điều 6), Thông tư bổ sung hình thức nộp hồ sơ đến cơ quan thuế bằng phương thức điện tử thông qua Cổng Dịch vụ công quốc gia, Ứng dụng định danh quốc gia hoặc Hệ thống thông tin quản lý thuế; hồ sơ đăng ký thuế được nộp trực tuyến, xác thực điện tử, bao gồm thông tin sinh trắc học theo quy định về định danh và xác thực điện tử của Chính phủ và lộ trình của cơ quan thuế.

Đồng thời, Thông tư bổ sung quy định về trình tự tiếp nhận hồ sơ đăng ký thuế điện tử, bao gồm tiếp nhận hồ sơ từ cơ quan đăng ký kinh doanh qua hệ thống thông tin về đăng ký kinh doanh đối với trường hợp liên thông và tiếp nhận hồ sơ từ NNT đăng ký thuế trực tiếp với cơ quan thuế.

Đối với thủ tục thay đổi thông tin đăng ký thuế, theo quy định tại Điều 10 đối với tổ chức và Điều 24 đối với HKD, hộ gia đình, cá nhân, trường hợp NNT thay đổi địa chỉ trụ sở làm thay đổi cơ quan thuế quản lý trực tiếp thì không yêu cầu NNT phải hoàn thành nghĩa vụ với cơ quan thuế nơi chuyển đi trước khi thay đổi trụ sở.

Trường hợp phải kiểm tra tại trụ sở

Đối với trường hợp NNT thuộc diện phải kiểm tra tại trụ sở của NNT khi chuyển địa điểm, trong thời hạn 02 ngày làm việc kể từ ngày tiếp nhận hồ sơ, cơ quan thuế thông báo cho NNT về việc hồ sơ thuộc diện phải kiểm tra tại trụ sở theo mẫu số 42/TB-ĐKT ban hành kèm theo Thông tư, trong đó nêu dự kiến thời gian thực hiện kiểm tra. Việc xác định NNT rủi ro cao thuộc diện kiểm tra được thực hiện theo quy định của Luật Quản lý thuế và các quy định về áp dụng quản lý rủi ro, quản lý tuân thủ trong quản lý thuế.

Ngoài những nội dung nêu trên, Thông tư số 90/2026/TT-BTC còn sửa đổi, bổ sung nhiều quy định liên quan đến cấu trúc mã số thuế, thủ tục đăng ký thuế đối với tổ chức, HKD, hộ gia đình, cá nhân; chấm dứt và khôi phục hiệu lực mã số thuế; công khai thông tin đăng ký thuế; sử dụng cơ sở dữ liệu trong đăng ký thuế; mẫu biểu, quy định chuyển tiếp và trách nhiệm tổ chức thực hiện.

Thông tư số 90/2026/TT-BTC có hiệu lực thi hành kể từ ngày 01/7/2026, thay thế Thông tư số 86/2024/TT-BTC. Việc áp dụng toàn bộ các hình thức giao dịch điện tử trong phạm vi đăng ký thuế được thực hiện theo lộ trình của cơ quan thuế theo quy định của Luật Quản lý thuế hiện hành./.