Tại Chương I về những quy định chung, Điều 1, dự thảo Luật Tổ chức cơ quan điều tra hình sự (sửa đổi) đã bỏ cụm từ “bộ máy” so với Điều 1 Luật năm 2015 vì không quy định về bộ máy trong dự thảo Luật để giao cơ quan có thẩm quyền quy định cụ thể nhằm bảo đảm được tính linh hoạt khi có sự thay đổi về tổ chức, bộ máy của các bộ, ngành.
Dự thảo Luật đã sửa đổi, bổ sung khoản 3 Điều 4 Luật năm 2015 theo hướng không quy định Cơ quan điều tra của Viện kiểm sát nhân dân tối cao trong hệ thống Cơ quan điều tra vì Viện kiểm sát vừa thực hiện quyền công tố, kiểm sát lại vừa thực hiện thẩm quyền điều tra sẽ không đảm bảo được tính khách quan trong quá trình tố tụng hình sự. Đồng thời, bảo đảm mối quan hệ chế ước, kiểm soát lẫn nhau gữa Cơ quan điều tra và Viện kiểm sát.
Dự thảo Luật cũng sửa đổi, bổ sung Điều 5, Điều 6 Luật năm 2015 về tổ chức bộ máy của Cơ quan điều tra của CAND, Cơ quan điều tra trong Quân đội nhân dân theo hướng: Bỏ Cơ quan Cảnh sát điều tra Công an cấp huyện; giao Bộ trưởng Bộ Công an quy định về tổ chức bộ máy các cơ quan điều tra của CAND; Bộ trưởng Bộ Quốc phòng quy định về tổ chức bộ máy các cơ quan điều tra trong Quân đội nhân dân để đảm bảo sự linh hoạt trong sắp xếp tổ chức bộ máy.
Dự thảo Luật cũng đã bỏ Điều 7 Luật năm 2015 do không quy định Cơ quan điều tra của Viện kiểm sát nhân dân tối cao trong hệ thống Cơ quan điều tra.
Điều 8 dự thảo Luật sửa đổi, bổ sung Điều 9 Luật năm 2015 theo hướng sửa đổi tên các cơ quan được giao nhiệm vụ tiến hành một số hoạt động điều tra của hải quan, kiểm lâm, kiểm ngư và CAND.
Sửa đổi, bổ sung các quy định về nhiệm vụ, quyền hạn của cơ quan điều tra của Công an, trong Quân đội
Tại Chương II quy định về nhiệm vụ, quyền hạn của Cơ quan điều tra của CAND, dự thảo Luật đã bỏ các Điều 15, 18 và 21 Luật năm 2015 vì đã giao Bộ trưởng Bộ Công an quy định về tổ chức bộ máy Cơ quan điều tra của CAND và không tổ chức Công an cấp huyện.
Dự thảo Luật sửa đổi, bổ sung Điều 16, Điều 17 Luật năm 2015 theo hướng phân công, phân cấp nhiệm vụ, quyền hạn tiến hành điều tra vụ án hình sự về tội phạm khác liên quan đến an ninh quốc gia hoặc để bảo đảm khách quan đối với Cơ quan An ninh điều tra.
Cụ thể, bổ sung thẩm quyền điều tra của Cơ quan An ninh điều tra Bộ Công an đối với tội phạm xâm phạm hoạt động tư pháp, tội phạm về tham nhũng, chức vụ quy định tại Chương XXIII và Chương XXIV của Bộ luật Hình sự xảy ra trong hoạt động tư pháp mà người phạm tội là cán bộ, công chức thuộc Cơ quan điều tra, Tòa án nhân dân, Viện kiểm sát nhân dân, cơ quan thi hành án, người có thẩm quyền tiến hành hoạt động tư pháp khi các tội phạm đó thuộc thẩm quyền xét xử của Tòa án nhân dân (sau khi bỏ Cơ quan điều tra của Viện kiểm sát nhân dân tối cao); Cơ quan An ninh điều tra Bộ Công an theo sự phân công của Bộ trưởng Bộ Công an, Cơ quan An ninh điều tra cấp tỉnh theo sự phân công của Giám đốc Công an cấp tỉnh.
Điều 16, Điều 17 dự thảo Luật đã sửa đổi, bổ sung Điều 19 và Điều 20 Luật năm 2015 theo hướng bỏ thẩm quyền điều tra của Cơ quan điều tra Viện kiểm sát quân sự trung ương.
Về nhiệm vụ, quyền hạn của cơ quan điều tra trong Quân đội nhân dân tại Chương III của dự thảo Luật, so với Luật năm 2015, Chương này bỏ 2 điều, chỉnh lý kỹ thuật 1 điều, sửa đổi bổ sung 4 điều.
Trong đó, Điều 18 dự thảo Luật đã sửa đổi, bổ sung Điều 23 Luật năm 2015 về bổ sung thẩm quyền điều tra của Cơ quan An ninh điều tra Bộ Quốc phòng đối với tội phạm xâm phạm hoạt động tư pháp, tội phạm về tham nhũng, chức vụ quy định tại Chương XXIII và Chương XXIV của Bộ luật Hình sự xảy ra trong hoạt động tư pháp mà người phạm tội là cán bộ, công chức thuộc Cơ quan điều tra, Tòa án nhân dân, Viện kiểm sát nhân dân, cơ quan thi hành án, người có thẩm quyền tiến hành hoạt động tư pháp khi các tội phạm đó thuộc thẩm quyền xét xử của Tòa án quân sự.
Các Điều 19, 21 và 22 của dự thảo Luật đã sửa đổi, bổ sung các Điều 24, 27 và 28 Luật năm 2015 về nhiệm vụ, quyền hạn của Cơ quan An ninh điều tra quân khu và tương đương, Cơ quan điều tra hình sự quân khu và tương đương, Cơ quan điều tra hình sự khu vực theo hướng bỏ thẩm quyền điều tra đối với các tội phạm của Bộ luật Hình sự mà các hành vi vi phạm tại các tội này không mang đặc trưng yếu tố quân sự nên trường hợp người vi phạm là quân nhân thì đề nghị điều tra giải quyết như đối với cá nhân khác.