Chỉ ra nguyên nhân của tồn tại, hạn chế trong phát triển kinh tế trang trại, Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn cho biết, nhận thức về vai trò kinh tế trang trại của các cấp, các ngành chưa đầy đủ. Công tác tuyên truyền, phổ biến Nghị quyết của Chính phủ về kinh tế trang trại và các chủ trương, chính sách pháp luật của Đảng và Nhà nước về phát triển kinh tế trang trại chưa sâu rộng.
Bên cạnh đó, chưa có văn bản hệ thống hóa cơ chế, chính sách phát triển kinh tế trang trại dẫn đến hạn chế trong việc tiếp cận của các trang trại.
Còn thiếu các quy định để các trang trại thực hiện đầu tư cơ sở hạ tầng phục vụ sản xuất và phát triển dịch vụ, nhất là đối với các hoạt động sản xuất và dịch vụ phi nông nghiệp kết hợp trong các trang trại nông nghiệp.
Nguồn vốn đầu tư từ ngân sách Nhà nước còn hạn chế, chưa đáp ứng được nhu cầu, nguồn vốn tín dụng ưu đãi cho vay còn thấp, huy động nguồn lực xã hội hóa còn hạn chế.
Sự hỗ trợ của các cơ quan quản lý Nhà nước trong việc thực thi chính sách hỗ trợ trang trại còn kém hiệu quả, thủ tục hành chính để thực hiện một số chính sách hỗ trợ còn rườm rà; sự phối hợp của các cơ quan chuyên ngành trong việc hướng dẫn, kiểm tra, hỗ trợ trang trại còn nhiều bất cập. Việc tuyên truyền, thông tin và công khai về các chính sách khuyến khích, ưu đãi của Chính phủ đối với trang trại còn hạn chế.
Năng lực quản trị, khả năng tài chính và trình độ chuyên môn của nhiều chủ trang trại còn hạn chế nên việc tiếp cận các nguồn vốn vay tín dụng, khoa học kỹ thuật, công nghệ và thị trường còn gặp khó khăn.
Chưa hình thành được các chuỗi liên kết giá trị của doanh nghiệp và trang trại gắn sản xuất với chế biến và tiêu thụ sản phẩm nên đầu ra của sản phẩm trang trại sản xuất ra chưa thực sự ổn định.
Theo Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn, những tồn tại, hạn chế và nguyên nhân cho thấy còn nhiều khoảng trống dẫn đến khó khăn, vướng mắc trong hoạt động của các trang trại và công tác quản lý nhà nước đối với kinh tế trang trại như: Chưa quy định rõ việc phân loại và các tiêu chí quy định của các trang trại nông nghiệp có kết hợp hoạt động du lịch và sản xuất, dịch vụ phi nông nghiệp khác; chưa quy định cụ thể về công tác quản lý nhà nước đối với kinh tế trang trại (quy định về đất đai, xây dựng trong trang trại; việc lập, thẩm định và phê duyệt dự án kinh tế trang trại; trách nhiệm trong việc quản lý đối với kinh tế trang trại; chế độ báo cáo về kinh tế trang trại).
Bên cạnh đó, chưa chỉ rõ chính sách hỗ trợ mà kinh tế trang trại được hưởng đang nằm tản mạn ở nhiều văn bản. Đặc biệt là việc tổ chức và quản lý các hoạt động phi nông nghiệp kết hợp liên quan đến nhiệm vụ, quyền hạn của nhiều Bộ, ngành Trung ương nên việc ban hành văn bản hướng dẫn để trang trại thực hiện vượt ra ngoài thẩm quyền của Bộ Nông nghiệp và PTNT.
Từ đó đòi hỏi phải có 1 văn bản quy định đầy đủ, thống nhất khung khổ pháp lý về cơ chế, chính sách khuyến khích phát triển kinh tế trang trại; trong đó có các quy định liên quan đến nhiều Bộ, ngành và chính sách ưu đãi, hỗ trợ kinh tế trang trại thuộc nhiệm vụ, quyền hạn của Chính phủ.
Chính vì vậy, cần thiết phải ban hành Nghị định của Chính phủ về chính sách khuyến khích phát triển kinh tế trang trại thay thế cho Nghị quyết số 03/2000/NQ-CP ngày 02/02/2000 về kinh tế trang trại của Chính phủ.