Theo Đề án, tên gọi Học viện sau khi sáp nhập là Học viện Hành chính Quốc gia (Học viện).
Cơ cấu tổ chức của Học viện gồm Ban Giám đốc Học viện; Hội đồng tư vấn, Hội đồng khoa học (nếu có) và các đơn vị thuộc, trực thuộc như sau:
Các đơn vị tham mưu gồm 6 đơn vị: (1) Văn phòng; (2) Ban Tổ chức cán bộ; (3) Ban Kế hoạch - Tài chính; (4) Ban Hợp tác quốc tế; (5) Ban Quản lý đào tạo (bao gồm quản lý đào tạo đại học, sau đại học và công tác sinh viên, học viên). (6) Ban Quản lý bồi dưỡng.
Các đơn vị chuyên môn gồm 8 đơn vị: (1) Khoa Hành chính học; (2) Khoa Quản trị nhân lực; (3) Khoa Nhà nước và Pháp luật; (4) Khoa Quản lý xã hội; (5) Khoa Quản lý kinh tế; (6) Khoa Lưu trữ học và Quản trị văn phòng; (7) Khoa Khoa học liên ngành; (8) Khoa Ngoại ngữ - Tin học.
Các đơn vị sự nghiệp gồm 4 đơn vị: (1) Viện Nghiên cứu khoa học hành chính; (2) Tạp chí Quản lý nhà nước; (3) Trung tâm Kiểm định chất lượng đào tạo, bồi dưỡng; (4) Trung tâm Công nghệ và Thư viện.
Các Phân viện gồm 3 đơn vị: (1) Phân viện Học viện Hành chính Quốc gia Thành phố Hồ Chí Minh; (2) Phân viện Học viện Hành chính Quốc gia Khu vực Miền Trung; (3) Phân viện Học viện Hành chính Quốc gia khu vực Tây Nguyên.
Từ 40 đầu mối của hai đơn vị trước khi sáp nhập (Học viện Hành chính Quốc gia có 17 đơn vị thuộc, trực thuộc, Trường Đại học Nội vụ Hà Nội có 23 đơn vị thuộc trực thuộc), sau khi sáp nhập theo Phương án của Đề án, cơ cấu tổ chức bộ máy của Học viện có 21 đơn vị thuộc, trực thuộc (giảm 19 đơn vị).
Học viện là đơn vị sự nghiệp công lập hạng đặc biệt, trực thuộc Bộ Nội vụ do Thủ tướng Chính phủ thành lập, là trung tâm quốc gia về đào tạo, bồi dưỡng, nghiên cứu khoa học và hợp tác quốc tế trong lĩnh vực đào tạo, bồi dưỡng về hành chính, công vụ và quản lý nhà nước.
Học viện có chức năng đào tạo, bồi dưỡng về hành chính và quản lý nhà nước cho cán bộ, công chức, viên chức của hệ thống chính trị trong phạm vi cả nước và đào tạo đại học, sau đại học phục vụ nhu cầu nguồn nhân lực chất lượng cao của nền công vụ và của xã hội; nghiên cứu khoa học về hành chính nhà nước, quản lý công, chính sách công và các lĩnh vực khác để tham mưu, phục vụ công tác quản lý nhà nước của Bộ Nội vụ.
Nhiệm vụ, quyền hạn của Học viện được xây dựng trên cơ sở tích hợp, có điều chỉnh để phù hợp với tình hình thực tế trong thực hiện nhiệm vụ của Học viện Hành chính Quốc gia và Trường Đại học Nội vụ Hà Nội đồng thời bổ sung những nhiệm vụ mới được cấp có thẩm quyền giao, cụ thể như sau:
- Đào tạo, bồi dưỡng cán bộ, công chức, viên chức trong phạm vi toàn bộ nền công vụ.
- Tổ chức biên soạn chương trình, tài liệu bồi dưỡng cán bộ, công chức cấp xã; đại biều Hội đồng nhân dân các cấp.
- Tổ chức tập huấn đội ngũ làm công tác quản lý đào tạo, bồi dưỡng cán bộ, công chức, viên chức của các Bộ, cơ quan ngang bộ, cơ quan thuộc Chính phủ, tổ chức chính trị - xã hội ở Trung ương và các tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương và một số nhiệm vụ khác theo chỉ đạo của Bộ trưởng Bộ Nội vụ.
- Thực hiện nhiệm vụ là cơ sở bồi dưỡng cán bộ, công chức, viên chức của ngành Nội vụ (trong đó có các chương trình bồi dưỡng về quản lý nhà nước đối với lĩnh vực tín ngưỡng, tôn giáo; thi đua, khen thưởng; Văn thư, Lưu trữ… trong phạm vi quản lý nhà nước của ngành Nội vụ).
- Đào tạo đại học, sau đại học các ngành, chuyên ngành theo quy định của pháp luật (hướng tập trung chính vào các ngành truyền thống và là thế mạnh của Học viện Hành chính Quốc gia và Trường Đại học Nội vụ Hà Nội).
- Tổ chức nghiên cứu khoa học trong lĩnh vực hành chính, quản lý nhà nước, chính sách công phục vụ trực tiếp cho hoạt động đào tạo, bồi dưỡng của Học viện và công tác quản lý nhà nước của Bộ Nội vụ và của Chính phủ.
- Tổ chức cung ứng một số dịch vụ công trên cơ sở nhu cầu của xã hội và năng lực của Học viện.
- Tư vấn chính sách theo nhiệm vụ được giao hoặc theo đề nghị của các cơ quan, tổ chức, đơn vị.
- Hợp tác quốc tế về đào tạo, bồi dưỡng và nghiên cứu khoa học.