Nội dung mới tại Thông tư 89/2026/TT-BTC: Giảm thủ tục, rút ngắn thời gian, tạo thuận lợi cho người nộp thuế

Thông tư số 89/2026/TT-BTC được Bộ Tài chính ban hành ngày 30/6/2026, có hiệu lực từ ngày 01/7/2026, quy định chi tiết một số điều của Luật Quản lý thuế và Nghị định số 252/2026/NĐ-CP. 

Thông tư gồm 10 Chương, 101 Điều, bao quát nhiều nội dung về giao dịch điện tử, khai và nộp thuế, hoàn thuế, miễn giảm thuế, kiểm tra thuế, kết nối và trao đổi dữ liệu trong quản lý thuế.

Các quy định mới được xây dựng theo hướng tăng cường ứng dụng công nghệ, khai thác và liên thông dữ liệu, đơn giản hóa hồ sơ, thủ tục, rút ngắn thời gian giải quyết và tạo thuận lợi hơn cho người nộp thuế (NNT) trong quá trình thực hiện nghĩa vụ thuế.

Giảm tần suất kê khai thuế thu nhập cá nhân

Một trong những điểm mới đáng chú ý tại Thông tư số 89/2026/TT-BTC là bãi bỏ kỳ kê khai tháng đối với thuế thu nhập cá nhân (TNCN) từ tiền lương, tiền công.

Theo đó, Tờ khai thuế TNCN áp dụng đối với tổ chức, cá nhân trả thu nhập từ tiền lương, tiền công mẫu số 05/KK-TNCN và Tờ khai thuế TNCN áp dụng đối với cá nhân khai thuế trực tiếp với cơ quan thuế mẫu số 02/KK-TNCN đều đã bãi bỏ kỳ kê khai tháng.

Quy định này nhằm giảm tần suất thực hiện thủ tục hành chính về thuế, giảm chi phí tuân thủ, đơn giản hóa công tác kê khai, nộp thuế và tạo thuận lợi cho tổ chức, cá nhân trong quá trình thực hiện nghĩa vụ thuế.

Bãi bỏ một số thành phần hồ sơ, giảm giấy tờ phải cung cấp

Đối với hồ sơ quyết toán thuế TNCN của cá nhân, Thông tư số 89/2026/TT-BTC bãi bỏ thành phần hồ sơ đăng ký người phụ thuộc và thay thế bằng hồ sơ các khoản chi cho y tế, giáo dục – đào tạo của NNT và người phụ thuộc theo quy định của pháp luật thuế TNCN.

Bên cạnh đó, Thông tư bổ sung nguyên tắc chung về khai và nộp hồ sơ thuế theo hướng tăng cường khai thác dữ liệu đã có. Theo đó, NNT không phải nộp lại các chứng từ, tài liệu có trong hồ sơ thuế và không phải khai lại các thông tin đã có trong Hệ thống thông tin quản lý thuế hoặc cơ quan thuế đã khai thác được từ cơ sở dữ liệu quốc gia hoặc được các bộ, ngành chia sẻ thông qua Hệ thống thông tin quản lý thuế.

Hệ thống thông tin quản lý thuế có trách nhiệm cập nhật, hiển thị các chứng từ, tài liệu, thông tin trong hồ sơ thuế để NNT tra cứu khi thực hiện thủ tục hành chính thuế.

Đáng chú ý, trường hợp Hệ thống thông tin quản lý thuế đã có đủ các thông tin, tài liệu, chứng từ bảo đảm đủ căn cứ để tính thuế, khoản thu khác theo quy định thì Hệ thống thông tin quản lý thuế tự động tạo lập tờ khai thuế để hỗ trợ NNT trong việc khai thuế và tính thuế.

Đây là một trong những nội dung thể hiện rõ định hướng chuyển từ yêu cầu NNT cung cấp, khai báo lặp lại sang tăng cường khai thác, sử dụng dữ liệu đã có trong hệ thống quản lý thuế.

Không phải nộp tiền chậm nộp khi nộp đúng hạn nhưng chưa đúng địa bàn phân bổ

Thông tư số 89/2026/TT-BTC cũng bổ sung quy định có lợi trực tiếp cho NNT trong trường hợp phân bổ nghĩa vụ thuế. Theo đó, trường hợp NNT nộp đầy đủ và đúng thời hạn quy định nhưng chưa đúng địa bàn phân bổ thì NNT không phải nộp tiền chậm nộp đối với số thuế nộp thiếu tại địa bàn nhận phân bổ.

Cơ quan thuế quản lý trực tiếp hướng dẫn NNT thực hiện tra soát hoặc hoàn kiêm bù trừ để điều chỉnh nguồn thu về đúng địa bàn hưởng nguồn thu;” (điểm k.2 khoản 1).

Quy định mới góp phần bảo đảm quyền lợi của NNT trong trường hợp đã hoàn thành nghĩa vụ nộp thuế đúng thời hạn nhưng việc phân bổ nguồn thu chưa chính xác.

Đẩy mạnh giao dịch điện tử, đơn giản hóa quy trình tiếp nhận hồ sơ

Thông tư số 89/2026/TT-BTC quy định cụ thể hơn về điều kiện thực hiện giao dịch thuế điện tử, trong đó bổ sung việc sử dụng tài khoản định danh điện tử. Theo đó, NNT (NNT) có tài khoản giao dịch thuế điện tử là tài khoản định danh điện tử theo quy định của pháp luật về định danh và xác thực điện tử; trường hợp không bắt buộc hoặc không thuộc đối tượng được cấp tài khoản định danh điện tử thì sử dụng tài khoản giao dịch thuế điện tử do Hệ thống thông tin quản lý thuế cấp.

NNT thuộc đối tượng được cấp tài khoản định danh điện tử có thể sử dụng tài khoản theo quy định để giao dịch với cơ quan thuế và thực hiện cập nhật, thay đổi thông tin trên Cổng Dịch vụ công quốc gia.

Cụ thể, theo quy định tại Điều 13, NNT thuộc đối tượng được cấp tài khoản định danh điện tử sử dụng tài khoản định danh điện tử mức độ 02 (đối với công dân Việt Nam) hoặc tài khoản định danh điện tử (đối với người nước ngoài) để giao dịch với cơ quan thuế và thực hiện việc cập nhật, thay đổi thông tin trên Cổng Dịch vụ công quốc gia theo hướng dẫn của chủ quản hệ thống thông tin (khoản 1).

Thông tư cũng sửa đổi thời hạn cập nhật, thay đổi, bổ sung thông tin đăng ký giao dịch thuế điện tử với cơ quan thuế. Theo đó, NNT phải thực hiện trong thời hạn 03 ngày làm việc kể từ ngày phát sinh thay đổi, thay cho quy định trước đây là “khi có thay đổi”.

Bên cạnh đó, Thông tư bổ sung các hình thức xác nhận người ký trên hồ sơ, chứng từ điện tử, gồm mã xác thực giao dịch điện tử, xác nhận bằng sinh trắc học và các phương tiện điện tử khác.

Đối với việc tiếp nhận hồ sơ thuế điện tử, Thông tư thay đổi cơ chế thông báo theo hướng đơn giản hóa. Hệ thống thông tin điện tử phục vụ giao dịch thuế điện tử phản hồi tự động để ghi nhận việc NNT gửi hồ sơ, chứng từ. Thông báo về việc tiếp nhận hoặc không tiếp nhận hồ sơ được gửi cho NNT qua hệ thống mà NNT thực hiện gửi hồ sơ.

Đối với hồ sơ thông thường, thông báo tiếp nhận được thực hiện chậm nhất 01 ngày làm việc kể từ ngày hệ thống ghi nhận việc nộp hồ sơ, chứng từ điện tử; đối với hồ sơ hoàn thuế, miễn thuế, giảm thuế, hồ sơ đề nghị hủy hồ sơ hoàn thuế và hồ sơ khai thuế đồng thời là hồ sơ hoàn thuế, thời hạn là 03 ngày làm việc.

Thông tư đồng thời sửa đổi quy định về xử lý sự cố trong giao dịch thuế điện tử. Trường hợp hệ thống hạ tầng kỹ thuật của NNT gặp sự cố, NNT được thực hiện nộp hồ sơ giấy tại bộ phận một cửa hoặc qua đường bưu chính theo quy định.

Rút ngắn thời gian kết nối dịch vụ T-VAN

Đối với tổ chức cung cấp dịch vụ giá trị gia tăng về giao dịch điện tử trong quản lý thuế (T-VAN), Thông tư số 89/2026/TT-BTC rà soát, đơn giản hóa một số điều kiện, hồ sơ và quy trình thực hiện.

Trong đó, thời gian chấp nhận hồ sơ đề nghị kết nối được rút ngắn từ 20 ngày xuống còn 05 ngày làm việc kể từ ngày nhận đủ hồ sơ; thời gian công bố công khai danh sách tổ chức cung cấp dịch vụ T-VAN cũng được rút ngắn từ 10 ngày xuống còn 05 ngày làm việc kể từ ngày ký biên bản kiểm tra kỹ thuật.

Thông tư đồng thời cho phép một số doanh nghiệp, tổ chức đã cung cấp dịch vụ nhận, truyền, lưu trữ dữ liệu hóa đơn điện tử hoặc đã được cơ quan nhà nước có thẩm quyền cấp phép kinh doanh dịch vụ tin cậy được kế thừa các điều kiện tương đồng khi đăng ký cung cấp dịch vụ T-VAN, qua đó giảm hồ sơ, tài liệu phải nộp và tạo thuận lợi cho doanh nghiệp.

Thuận lợi hơn trong khai thuế, hoàn thuế và xử lý tiền thuế nộp thừa

Thông tư số 89/2026/TT-BTC bổ sung, sửa đổi nhiều quy định về khai thuế, hoàn thuế và xử lý tiền thuế nộp thừa theo hướng đơn giản hóa và tăng tính tự động.

Đối với khai thuế, Thông tư bổ sung, sửa đổi nhiều quy định về kỳ khai thuế, địa điểm nộp hồ sơ, phân bổ nghĩa vụ thuế và khai bổ sung hồ sơ khai thuế; đồng thời hướng dẫn cụ thể một số trường hợp phát sinh trong thực tế nhằm thống nhất việc thực hiện.

Đối với hộ kinh doanh, cá nhân kinh doanh đã khai thuế theo quy định tại Thông tư số 18/2026/TT-BTC của Bộ trưởng Bộ Tài chính quy định về hồ sơ, thủ tục quản lý thuế đối với hộ kinh doanh, cá nhân kinh doanh được sửa đổi, bổ sung tại Thông tự số 50/2026/TTBTC thì hồ sơ khai bổ sung hồ sơ khai thuế là hồ sơ khai thuế của kỳ tính thuế có sai, sót đã được bổ sung.

Trong lĩnh vực hoàn thuế và xử lý tiền thuế nộp thừa, Thông tư bổ sung cơ chế tự động bù trừ đích danh khoản phải nộp với khoản đã nộp trong trường hợp NNT nộp thuế theo mã định danh khoản phải nộp (ID).

Cụ thể, đối với các khoản của cùng NNT, cùng tiểu mục, cùng địa bàn hành chính và cùng cơ quan thuế:

(i) Trường hợp NNT nộp thuế theo mã định danh khoản phải nộp thì Hệ thống thông tin quản lý thuế tự động bù trừ theo mã định danh khoản phải nộp (ID).

(ii) Trường hợp NNT có khoản nộp thừa không có mã định danh khoản phải nộp, cùng tiểu mục, cùng địa bàn, cùng cơ quan thuế với khoản nợ, khoản thu phát sinh thì Hệ thống cũng không bù trừ tự động. NNT thực hiện lựa chọn khoản nộp thừa, Hệ thống tự động bù trừ theo lựa chọn của NNT.

Thông qua Công văn số 5746/CT-CS, Cục Thuế đề nghị các Thuế tỉnh, thành phố, Chi cục Thuế doanh nghiệp lớn và Chi cục Thuế thương mại điện tử chủ động tổ chức tuyên truyền, phổ biến các nội dung mới của Thông tư số 89/2026/TT-BTC tới công chức thuế và NNT; đồng thời chuẩn bị các điều kiện cần thiết để bảo đảm triển khai thực hiện thống nhất, kịp thời và hiệu quả.